Suatu malam, Nakazaki Yuuya, yang mengaku dirinya sebagai orang yang mudah khawatir dan penakut, menjelajahi sekolah di malam hari karena dia lupa membawa ponselnya. Dia malah terkejut oleh roh bernama Tenko. Tidak bisa memahami apa yang sedang terjadi, Yuuya hanya bisa mendengarkan kata-kata roh itu saat dia melayang di atasnya.

“Selamat. Mulai saat ini, kamu adalah salah satu dari kami—Salah satu dari Tujuh Misteri sekolah ini.”

Dengan itu sebagai titik awal, Yuuya akan bergantung pada kekuatan Tujuh Misteri lainnya untuk menyelesaikan berbagai kejadian yang terjadi di sekolah, hingga akhirnya, nasibnya terhubung dengan seorang gadis dari kelasnya—